Povijesni razvoj Klisa bio je uvjetovan u prvom redu njegovim zemljopisnim položajem, što je predstavljalo jednu od bitnih odrednica života koji se nekad odvijao u južnom dijelu Hrvatske. Tvrđava Klis podignuta je na nepristupačnoj strmoj hridi na prijevoju između planinskih masiva Kozjak i Mosor. Tvrđava je u prošlosti imala istaknuti obrambeni položaj jer je od svog nastanka nadzirala i branila najvažniji prirodni i komunikacijski put kojom se iz unutrašnjosti dolazilo na srednjodalmatinsku obalu. Obzirom na njen strateški značaj i ulogu koju je imala u hrvatskoj povijesti, ona je bila jedna od najvažnijih tvrđava na tlu naše zemlje.
Već od 2. stoljeća pr. Kr. na ovom području prebiva ilirsko pleme Delmata i hridina na kojoj se uzdiže Tvrđava Klis je već tada bila naseljena. Naseljenu zemlju nakon dolaska Hrvati nazivaju svojim imenom, a povijesni izvori govore da se u to doba Hrvatska sastojala od Bijele i Crvene Hrvatske. Bijela se Hrvatska prostirala od Raše do Neretve, a Crvena od Neretve do Bojane. Na području Bijele Hrvatske živjelo je dvanaest hrvatskih plemena, a na teritoriju Crvene Hrvatske trinaest pa je znakovito kako suvremeni hrvatski grb ima dvadeset i pet polja (12 bijelih i 13 crvenih). Tijekom vremena od ove dvije hrvatske cjeline, uključujući i bizantsku Dalmaciju, nastat će Primorska Hrvatska koju kralj Tomislav, nakon pobjeda nad Mađarima i Bugarima, sjedinjuje s Panonskom Hrvatskom u jedinstvenu kraljevinu. Svoju su državu hrvatski knezovi i kraljevi administrativno podijelili po županijama. Županija je naziv za upravnu jedinicu kojom upravlja župan (iupanus), povjerenik vladara koji upravlja u njegovo ime, a taj naziv zadržao se stoljećima u Hrvatskoj. U prošlosti se na području Bijele Hrvatske nalazilo dvanaest županija: Ninska, Lička, Podgorska, Sidraga, Bribirska, Kninska, Cetinska, Dridska, Zminjska, Kliška, Imotska i Mokron. Konstantin Porfirogenet u 10. st. navodi upravo Klis kao sjedište starohrvatske Primorske županije Parathalassie (Kliške županije).
Doseljenje Hrvata u ove krajeve nesumnjivo je važan događaj za prošlost Klisa, jer dva stoljeća kasnije Klis postaje središte srednjovjekovne Hrvatske. Kliška županija je kolijevka hrvatske dinastije Trpimirovića te su Trpimirovići posjedovali velik dio teritorija (teritorium regale) ove županije. Vladarska obitelj Trpimirovići imala je imanja-dvore u Bijaćima i Solinu, a središnji dvor u samomu neosvojivomu Klisu. U prijepisu isprave iz 852. godine Klis se spominje kao dvor (ex curte nostra que Clissa dicitur) hrvatskog kneza Trpimira i njegovog prethodnika kneza Mislava, a uskoro zatim postao je sjedište Primorske Hrvatske.
Nakon propasti hrvatske kraljevske dinastije Klis ne gubi na značenju, već mu se značaj u nemirnim stoljećima srednjega vijeka povećava zbog njegovog strateškog značaja. Tako krajem 11. stoljeća Klis dolazi pod vlast hrvatsko-ugarskih kraljeva dinastije Arpadović, koji ga često daju na upravljanje svojim knezovima i banovima. Neki od tih knezova i banova bili su samostalni i upravljali su gradom po svom nahođenju.
Godine 1221. uspio je hrvatski velikaš Domald zagospodariti Klisom, ali mu ga je šest godina kasnije u ime kralja oduzeo knez Grgur Šubić. Nekoliko godina kasnije ponovno je knez Domald gospodar Klisa, da bi ga 1239. godine savladali Stjepko i Jakov Šubić te tako opet doveli grad pod kraljevu vlast.
Početkom ožujka 1242. godine Tatari bezuspješno opsjedaju Tvrđavu Klis progoneći i tražeći kralja Belu IV., koji se bježeći pred njima ranije sklonio unutar zidina tvrđave sa svojom obitelji i dvorskom pratnjom.
Krajem 13. stoljeća Klisom je zavladala tada najmoćnija hrvatska plemićka obitelj bribirskih knezova Šubića, koja će ga više od pedeset godina držati u svojoj vlasti. Od Šubića njime su upravljali Juraj I., Juraj II., Mladen III. i Pavao III. Grad je tada kao slobodna općina imao svog bilježnika, pečat i sud zvan „kliški stol“.
Od godine 1355. Klis je ponovno pod kraljevom zaštitom i upravom njegovih kaštelana. U srpnju 1387. godine grad dolazi pod vlast bosanskog kralja Stjepana Tvrtka I., a od 1391. godine njime kratko upravlja Vuk Vukčić, bosanski vojvoda i hrvatski ban. No, Tvrtkova moć nije potrajala zadugo te je ban Nikola Gorjanski u Sigismundovo ime opet vratio Klis pod hrvatsko-ugarsku krunu 1394. godine.
U drugoj polovici 15. stoljeća postalo je jasno da će se za kršćansku Europu ubrzo početi odvijati nemili događaji, a stvari su se počele ubrzavati nakon 1463. godine kada je Bosna pala u osmanske ruke. U vrijeme dok Europljani otkrivaju Novi svijet, u Klisu se nepovratno gasi jedno doba relativne sigurnosti i blagostanja. Hrvatima je u sljedećim stoljećima preostalo ginuti, trpjeti, boriti se, krvariti i umirati za slobodu svoje domovine i cijele zapadne Europe u neprestanim sukobima s Osmanlijama.
Krajem 15. stoljeća osmanska vojska je provalila preko Bosne do hrvatskih zemalja. U to vrijeme teškog stanja u državi, nakon smrti kralja Matije Korvina, hrvatski je narod pretrpio i velik poraz od osmanske vojske 1493. godine na Krbavskom polju gdje je poginulo puno hrvatskih plemića i vitezova. Nakon te pobjede Osmanlije ne vide nikakve prepreke za svoje pohode prema moru. Zalijeću se prema Trogiru, napadaju Sinj, Knin, Klis. Hrvatski gradovi na jugu ne mogu dobiti pomoć iz sjeverne Hrvatske jer je vojska oslabljena građanskim ratom, a Osmanlije kontroliraju sve ceste i prolaze prema moru. Da bi učvrstili svoj položaj na međi između dalmatinske obale i zaleđa prema Bosni te na putovima koji vode u hrvatsku unutrašnjost, Osmanlije su trebali snažno uporište za svoju vojnu silu. Najbolje mjesto koje će im to pružiti, kao i stratešku prednost u odnosu na Veneciju i hrvatsko-ugarskog kralja, je Klis. Stoga, odlučiše ga osvojiti.
Uzalud su Hrvati tražili od kršćanskih europskih vladara da se zajedno odupru osmanskoj najezdi. Najburnije povijesno razdoblje Klisa kreće početkom 16. stoljeća, u vrijeme najvećeg osmanskog prodora u Europu i hrvatske krajeve. Tada će istaknutu ulogu u njegovoj obrani imati Petar Kružić, kapetan i knez kliški. Više od dva desetljeća zajedno sa svojim uskocima odolijevat će brojnim osmanskim napadima i opsadama, istovremeno otklanjajući i mletačke pokušaje zauzimanja Klisa.
Petar Kružić
Petar Kružić i uskoci u mnogo su navrata uspješno branili Klis od osmanskih napada u razdoblju od 1515. pa sve do 1537. godine (saznajte više - Petar Kružić).
1537. godina započela je strašnom zimom. Dok je osmanska vojska gradila utvrde i priječila prolaze do Klisa paleći polja i odvodeći stanovništvo u ropstvo, Kružić je pokušavao nabaviti hranu, streljivo i još vojnika za obranu Klisa. U Klisu je nestajalo hrane, streljiva je sve manje, moral branitelja je sve slabiji. Moraju se boriti i za vodu budući da cisterne vode u tvrđavi nisu bile dovoljne za veliko ljudstvo i za konje, a Osmanlije su zauzeli sve izvore pitke vode izvan grada (Belimovaču, Tri kralja, Bađanu, Ilijino vrilo).
Kružić tada po prvi puta dobije toliko potrebnu pomoć od kralja Ferdinanda I. Kralj mu za pomoć u obrani pošalje vojnike-plaćenike. Tako Kružić krene iz Senja u obranu Klisa s nekoliko uskoka, vojnicima-plaćenicima kralja Ferdinanda I. i sedam stotina papinskih vojnika, ukupno nešto manje od 3000 vojnika. Kružić se noću između 11. i 12. ožujka 1537. godine (uoči blagdana svetog Grgura) neopaženo iskrcao u solinskoj luci vodeći pomoć gradu Klisu kojeg je branio više od dvadeset godina. Kako bi srušio opsadu, prvo je morao spaliti utvrde oko Klisa. U prvom naletu srušio je utvrde na Ozrni i Kučinama, a nakon toga navalio je na solinsku Gradinu. Tada su Murat-beg Tardić, šibenska poturica i Malkoč-beg stigli s 2000 osmanskih konjanika i nešto pješaštva te napali Kružićevu vojsku.
Strani plaćenici, vidjevši osmansku konjicu, odmah su pobjegli na brodove od straha. Kružić je pokušavao održati bojnu formaciju i borio rame uz rame sa svojim malobrojnim uskocima. Sa svojih dvjestotinjak ljudi davao je otpor deseterostruko brojnijem neprijatelju koji ga je stalno potiskivao prema brodovima. U posljednji trenutak svi su se ukrcali na brodove. Međutim, brod pretrpan ljudima i opremom nasukao se na pješčano dno te nije mogao isploviti iz luke. Osmanlije su to iskoristili i opet žestoko napali. U nastalom metežu Atli-aga ubio je Petra Kružića odsjekavši mu glavu. Murat-beg Tardić nataknuo je Kružićevu glavu na koplje i slavodobitno je donio pokazati braniteljima u Tvrđavi Klis.
Ostavši bez svoga kapetana, kliški uskoci se obeshrabre i odluče se dogovoriti s Osmanlijama. Prepuste Osmanlijama tvrđavu i grad Klis, a oni ih puste nesmetano, sa ženama i djecom, neka odsele u druge hrvatske krajeve. Većina ih ode u Senj, drugo sjedište uskočke kapetanije te nastavi borbu protiv Osmanlija u desetljećima koja su uslijedila (saznajte više - O uskocima).
Kružić je pokopan u crkvi Blažene Djevice Marije na Trsatu gdje je kasnije položena i njegova glava koju je njegova sestra Marija otkupila od Osmanlija. Na nadgrobnoj ploči pod oltarom svetog Petra u crkvi Gospe Trsatske stoji latinski natpis koji u prijevodu znači:
Ova mramorna ploča pokriva kosti Petra Kružića, kojega, jao, pogubiše Turci. Dok je živio, Senj i Klis se nikada nisu bojali Turaka. Smrt je preuzela njegovo tijelo, nebo dušu, a njegovo junačko djelo po svijetu raznosi vječna slava.
Kršćanska Europa je njegovom pogibijom izgubila jednog od svojih najvećih branitelja. Zahvaljujući Kružiću i njegovim ratnicima mogla je uživati u svojoj sigurnosti i razvijati se gospodarski, kulturno i znanstveno te uživati u novim prekomorskim posjedima. Hrvatima su ostale samo cinične riječi utjehe kao što je kralj Ferdinand I. Habsburški pisao Kružiću prije njegove smrti: "Znajte da smo već dugo i dosta nastojali pomoći vam i da smo sve odredili za vaše izbavljenje te se čvrsto nadamo da će ta opsada biti sasvim raspršena i razbijena." Nakon što je kralj Ferdinand Kružiću doista poslao pomoć u vidu vojnika-plaćenika, izazvao je njegovu smrt jer je Kružić, ne znajući da je dobio kukavnu vojsku, poginuo vjerujući da je ta pomoćna vojska dostojna boriti se uz hrvatske uskoke.
Klis 1537. - 1648.
Sljedećih 111 godina Klis je bio pod osmanskom vlasti. Osvojivši Klis Osmanlije ga odmah učiniše središtem sandžaka. Kliški sandžak obuhvaćao je teritorij od Bunica i Bilaja, preko Drniša i Vrlike, do Rame na sjeveru i Neretve na jugu. Klis su u nekoliko navrata ponovno pokušali osvojiti uskoci ili Mlečani.
Početkom travnja 1596. godine stotinjak Hrvata (uskoci i drugi domaći ljudi) pod vodstvom splitskih plemića Ivana Albertija i Nikole Cindra uspjelo je na prepad zauzeti Tvrđavu Klis. Bio je dogovoren dolazak papinske pomoći Klisu čim se tvrđava ponovno zauzme, ali su Mlečani (pod čijom je vlasti bio Split i okolna obala) blokirali i zabranili pristanak u luku papinskim brodovima. Tako su onemogućili dolazak hrane, streljiva i papinske vojske u Klis. Osmanlije su nedugo potom organizirali protunapad i uskoro ih je oko osam tisuća opsjedalo Klis u kojem je bilo tisuću i petsto branitelja. Krajem svibnja braniteljima je u pomoć stigao zapovjednik Hrvatske krajine general Juraj Lenković s oko tisuću vojnika, ali je u borbi podno tvrđave protiv mnogobrojnih Osmanlija bio poražen i ranjen. Tom su prilikom Ivan Alberti, Nikola Cindro i preko tisuću drugih boraca poginuli. Kada su nakon skoro dvomjesečne opsade kliški osloboditelji ostali bez zapovjednika, vode, hrane i ostalih resursa, bili su prinuđeni 31. svibnja predati Klis Osmanlijama. Ponovni gubitak Klisa uglavnom su skrivili Mlečani koji su spriječili dolazak Hrvata i papinske vojske u pomoć kliškim osloboditeljima.
Osim nekoliko neostvarenih uskočkih planova o ponovnom osvajanju Klisa, ništa se značajno nije dogodilo oko Klisa u slijedećih pedeset godina.
Klis 1648. - danas
Tijekom Kandijskog rata (1645. – 1669.) u ožujku 1648. godine oko deset tisuća mletačkih vojnika pod vodstvom generala Leonarda Foscola uz brojno sudjelovanje hrvatskog puka predvođenog don Stjepanom Sorićem, Vukom Mandušićem i braćom Jankom i Šimunom Marjanovićem opsjelo je Klis kojeg je tada branilo oko tisuću Osmanlija.
Nakon desetodnevnih krvavih borbi, tijekom kojih su pojedini obrambeni položaji Klisa više puta osvajani, izgubljeni pa opet osvajani, Osmanlije su 31. ožujka odustali od borbe i predali Klis. Dogovoreni su uvjeti predaje po kojima će mletačka vojska pustiti Osmanlije neka u miru napuste Klis. Prilikom njihova izlaska iz tvrđave, ranjeni je Ahmed-aga (Mustafa) Baraković, poznat lokalnom stanovništvu po okrutnosti, svojim prijetnjama o osveti za pretrpljeni poraz izazvao Poljičane koji su, prekršivši raniji dogovor o predaji, ubili njega i njegovu pratnju. To su iskoristili Vlasi, mletački vojnici te njemački i albanski plaćenici opljačkavši i ubivši preko dvjesto Osmanlija koji su se već bili predali.
U Kandijskom ratu i u borbama pod Klisom sudjelovali su istaknuti i opjevani junaci don Stjepan Soriće, Stojan i Ilija Janković, Petar i Ilija Smiljanić te Vuk Mandušić. Don Stjepan Sorić bio je vođa uskoka, odlikovao se u mnogim borbama s Osmanlijama za oslobođenje Like. Sudjelovao je sa svojim uskocima u oslobođenju Klisa 1648. Poginuo je u borbi s Osmanlijama boreći se do kraja se sa sabljom u ruci. Pao je „kao čovjek koji se bori za vjeru i slobodu“. Don Stjepan Sorić je opjevan i u narodnim pjesmama. Stojan Janković je bio zapovjednik Ravnih kotara u mletačkoj službi te je bio jedan od vođa Hrvata prilikom oslobođenja Klisa 1648. godine. Poginuo je 1687. godine. Ilija Smiljanić je tijekom Kandijskog rata bio uskočki četovođa pod Klisom, a poginuo je 1654. godine.
Osvajanjem Klisa Mlečani su postigli svoj najveći uspjeh tijekom Kandijskog rata, što su proslavili zvonjavom zvona svih crkvi u Veneciji, pucnjavom topova i svečanim „Te Deumom“ u crkvi Sv. Marka u Veneciji. Dolaskom pod vlast Venecije, cijelo područje je uređeno kao posebna vojno administrativna oblast sa sjedištem u Klisu kojom je upravljao providur.
Republika Sv. Marka upravljala je Klisom sve do 1797. godine. Tada je nakratko, do 1813. godine, preuzimaju Francuzi (Napoleon Bonaparte), a nakon njih nastupa razdoblje austrijske uprave sve do 1918. godine. Propašću Habsburške Monarhije, Klis gubi vojno-strateški značaj. U sljedećem razdoblju Klis, zajedno s ostalom Dalmacijom, dijeli sudbinu svih hrvatskih zemalja. Konačno, 1990. godine na Tvrđavu Klis postavljen je stijeg Republike Hrvatske.
